最后，“存理灭欲”是一个循序渐进、自然而然的过程。在朱熹看来，尽去人欲，“这事不易言，须是格物精熟，方到此”。他还说：“今日格一物，明日格一物，正如游兵攻围拔守，人欲自消铄去。”因此，他要求在体认出天理人欲之后，“著力除去了私底，不要做，一味就理上去做，次第渐渐见得，道理自然纯熟”。朱熹还说：“既知学问,则天理自然发现，而人欲渐渐消去者，固是好矣。”显然，在朱熹看来，“存理灭欲”并不是单纯地通过外在的力量，而是要通过个人自身的道德修养，循序渐进，“自然纯熟”。
朱熹将“天理”与“人欲”对立起来，认为“天理存则人欲亡，人欲胜则天理灭”，这是朱熹“存理灭欲”的理论缺陷。在这样的对立观下，我们有可能将属于社会伦理的“天理”看作是独立于人之外的存在，在社会还没有制定出合法的程序来确立“天理”的内容时，而被任意赋予各种规定，从而造成如清代思想家戴震所说的“以理杀人”的现象。
道统下的无讼思想和民生观念
朱熹继承、发挥了儒家圣贤以道统为己任的思想。他宣称尧舜禹、汤问、武周公、孔孟的圣人之道，在中断数千年之后终于出现了程颢、程颐的延续，而他自己又处于承续之道。他说“看圣贤代作，未有孔子，便无《论语》之书，未有孟子，便无《孟子》之书，未有尧舜，便无《典谟》，未有商周，便无《风雅颂》”，“自尧舜以下，若不生个孔子，后人去何处讨分晓？孔子后若无生个孟子，也未有分晓，孟子后数千载乃始得程先生兄弟发明此理”。在道统论中，朱熹提倡北宋哲学家周敦颐。现代国学大师钱穆曾说：“朱子乃始推尊濂溪，奉为理学开山。”濂溪先生就是周敦颐。同时，朱熹又推广道统谱系，由前人至尧舜，向前起自伏羲、神农、黄帝，下达周敦颐、程颢、程颐和张载。朱熹在《中庸章句序》中首次采用了“道统”一词，使“道统”思想概念化，“道统”之名得以生存、发展，这具有明确的创新观念。在发挥道统的过程中，朱熹承续了程颢、程颐“人心唯危，人欲也；道心唯微，天理也”的思想，将人心、道心与人欲、天理相通。