资本主义萌芽的出现，以新的社会因素向封建的大一统挑战：它以具有资本主义因素的雇佣关系冲击封建的租佃关系和雇佣关系；以较多的商品刺激地主，促进它的转化，使之一部分向经营地主发展，一部分变为更腐朽的城居地主；它同官府矛盾，反对残酷的封建剥削与压迫；它促进商品经济的发展，从而冲击封建的自然经济，一句话，它冲击和分解着封建制度。
清朝政府阻挠、破坏资本主义萌芽的发展，其目的无疑是为了维护封建制度。封建地主土地所有制下地租重，吸引着商业资本， “以末起家，以本守之”,依然支配着人们的行动，经商致富者大多购置土地，而成为包买商的还是少数。地租重，农民购买力极低，使手工作坊的生产品市场不易扩大，自然经济不易打破，手工作坊的生产难于迅速发展。清政府坚持重农抑商政策所起的作用同样恶劣。雍正不止一次讲“四民士为首，农次之，工商为下”。这是封建统治者传统的观念和政策，并没有新的内容，但这种重申，是在商品经济和资本主义萌芽发展情况下，为维护封建统治的需要。清政府采取了许多重农抑商的措施，它禁止开矿，因为矿冶业需要大量的劳动力，这些来自四方的人聚居一处，政府又担心工匠闹事，更怕厂矿倒闭，工匠成为游民，破坏它的社会秩序，雍正坚持实行禁止开矿政策，所反复讲解的就是这些理由。清代采铜业是冶炼业中唯一得到官方允许发展的行业，这是因为铸造制钱需用铜做原料的原因。所以，康熙平定三藩之乱后，即在云南开发铜矿，雍正对此也网开一面，允许商民开采。但是清政府又与商人争利，在铜冶业中实行“官督商办”政策，商人生产的铜满足政府需要，剩余的才能自行出卖；它又实行“预发工本，收买余铜”的办法，低价强买铜斤，往往造成场商的赔本，使得铜业生产不能稳定。