关于朱批奏折的作用，雍正归结为两点，一是通上下之情，以便施政；二是启示臣工，以利其从政。
躬理庶务
雍正即位满一年时，他说“国家政治，皆皇考所遗，朕年尚壮，尔等大学士所应为之事，尚可勉力代理，尔等安乐怡养，心力无耗，得以延年益寿，是亦朕之惠也”。他代行臣下之事，除朱批奏折外，就是设立军机处，躬理庶务。
雍正七年(1729),雍正开始对准噶尔策妄阿拉布坦用兵。为了这场战争的顺利进行，他采取了许多措施，设立军机处，便为其中的一项。六月，雍正发出上谕“两路军机，朕筹算者久矣。其军需一应事宜，交与怡亲王、大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理”。这时，军机房正式建立，命允祥、张廷玉等人主持其事。
军机处设有军机大臣，雍正从大学士、尚书、侍郎等官员中指令充任，人数不限，正式称呼是“军机处大臣上行走” “军机大臣上学习行走”,统称“办理军机大臣”, “军机大臣”则是它的简称了。它是军机处的主官，下属有军机章京，雍正时也没有定员，由内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙门官员中选择充任，他们负责满、汉、蒙古诸种文字工作。