8.2通过组织机构的良好设置强化内部控制良好的组织机构设置可以解决公司各方面利益分配和权利划分的问题，对企业能否高效运转，是否具有竞争力起到决定性的作用。组织机构设置及其职能配置是现在公司治理结构的关键问题。
正确设置公司的治理层、管理层、监督层的机构和职权是建立健全和有效运行内部控制的前提和保障。以下笔者结合有关企业的经验教训对组织机构的设置提出几点建议：8.2.1部门之间的职责分离内部控制的关键点就在于不相容职务相分离，在会计信息化系统中这一点仍旧被强调，对一个工作人员或是部门掌管就会增加舞弊和错误的机会，或增加掩盖错误与舞弊可能性的职务，通常都必159◆◆◆企业会计信息化内部控制问题研究须由两个以上相对独立的不同人员或部门来办理，否则就很难防止错误与舞弊的发生。在会计信息化系统中，不相容的职务主要有系统开发研究和系统的维护检查、初始数据的记录和账务报表的稽查、授权的批准与日常操作的执行、资产保管的记录与资产盘查、信息化系统操作与系统中档案的管理等。即业务授权、执行、记录、检查和资产保管予以分开。建议对于组织机构重新划分，把企业的信息管理部门慢慢地融入财务部门之中，比如可以在财务部门下设置单独的信息录入中心，只负责信息的录入和处理而生成账目和报表的过程，不负责其他稽查和审批业务；设置单独的信息维护中心，只负责对于会计信息化系统的维护和安全、更新和升级，不负责会计日常业务的处理；设置独立的管理部门；只负责企业全部资产的保管、账务报表的审核、业务处理的规范，不负责业务事项的具体处理等。